沟鞭藻是反映现代海洋和湖泊生态条件的单细胞生物,其最早的无可争议的化石纪录是从中三叠世(约240Ma前)开始。最近,Moldowan等(1996)在对不同地质时代海相岩石的调查中,发现在前寒武纪至泥盆纪富有机质的沉积岩石中具有丰富的三芳甲藻甾烷。Summons等(1992)也注意到甲藻甾烷出现在前寒武纪岩石抽提有机质中。而作为甲藻甾类烃(甲藻甾烷和三芳甲藻甾烷)的生物化学先质的甲藻甾醇是唯一由沟鞭藻衍生的(Volkman等,1990;1998)。这种甲藻甾烷与沟鞭藻之间的亲缘关系几乎可将其作为证明沟鞭藻存在的生物分子化石。Moldowan和Talyzina(1998)在一些已知形态特征的经过富集了的早寒武世(约520ma以前)微化石中鉴定出了一系列沟鞭藻生源的生物标志物(甲藻甾烷和4α-甲基-24-乙基胆甾烷),并认为这些微化石是古老的沟鞭藻祖先。